決算書類代行を税理士に依頼するメリットは、作業の効率化や、正確な決算書類が作成できるということがあげられますが、そのほかにも確定申告時に税理士の署名（押印）が入ることにあります。

一般的に自分たちで決算書を作成し申告する場合には、多くの時間と手間がかかるだけでなく、税理士の署名がないため、税務調査に対する抑止力がありません。
それに対して税理士に決算書類代行を依頼した場合には、適切で、かつ正確な決算処理に加えて税理士の署名が入るため、税務署からの信頼を得ることができます。

また、決算書類代行は顧問契約ではなく、ピンポイントでの依頼に対応してくれる会社も多くあり、この場合、顧問契約よりもお手軽な費用で決算書類代行を依頼できるため、決算書類作成にかかる総合的なコストを削減することができます。

税理士などに税務申告書作成を依頼することにより一時的なコストは発生してしまいますが、時間に余裕を作れることや、正確で、かつ最適な税務申告書を確実に作成できることから、コスト以上にメリットがあるといえます。

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